Non so se sono capace di aiutarti, ma vorrei essere sicuro che tu abbia letto con attenzione il manuale di memoir; esso simula diverrsi pacchetti e, sebbene io non abbia controllato, ho la sensazione che il tuo lungo preambolo contenga pacchetti che non devono essere caricati oppure che si possono caicare con alcune accortezza per evitare che memoir ne ridefinisca i comandi. Tutto è spiegato nelle pagine xxix e xxx della prefazione intitolata Introduction to the eighth edition.
Dopo di che vorrei domandarti questo; i numeri romani per i capitoli, solo nell’indice e nel titolo stesso di ogni capitolo ma non nella numerazione nella numerarazione gerarchica delle sezioni subalterne ai capitoli te la impongono o la vuoi tu?
Secondo me è una incongruenza terribile e che mette in confusione il lettore; però se mi dici che ti viene imposto, allora provo a pensare a una soluzione; ma se è un tuo desiderio allora ti prego di abbandonarlo.
Nel tuo preambolo compiono diverse righe con \clearpage\null\thispagestyle{empty}\clearpage; vuoi lasciare delle pagine bianche in più rispetto a quelle che LaTeX metterebbe da solo? Se sì, cerca di eliminare i \newpage\clearpage consecutivi e i \clearpage\clearpage consecutivi, che non servono a niente o sercono a poco.