Marco, il tuo indice non ha nulla di sbagliato; il punto è che devi spostare la chiamata a hyperef più in basso e puoi togliere la chiamata al pacchetto url, perché il comando \url è già definito da hyperref.
Poi puoi scrivere al posto dei singoli comandi per i tre indici (generale, tabelle, figure)`\figurespagetrue\tablespagestrue\indici` e tutti gli indici ti vengono composti come si deve e al loro posto giusto.
Poi devi togliere il punto esclamativo, non lasciarlo insieme ad altri codici; in particolare nelle appendici se lasci il punto esclamativo (specialmente nelle prime due tabelle di ciascuna appendice, la modifica dei parametri indotta dal punto esclamativo ti mette un paio di tabelle prima del titolo, il che si presenta in modo osceno.
Certo non serve a nulla mettere \small e nemmeno \footnotesize per le tabelle che sforano, visto che usi a proposito e a sproposito il campo p{…} per definire colonne intere: puoi scriverci dentro quanto ti pare ma se hai specificato una certa larghezza di colonna nel campo p{…}, quella lunghezza è, e quella lunghezza resta.
Viste le tue testatine vuote in pagine bianche nella parte iniziale della tua tesi, ho fatto una modifica al pacchetto toptesi in modo che ciò non possa più accadere, se hai tempo di aspettare qualche giorno, puoi aggiornare il tuo sistema TeX (che spero sia TeX Live, perché con MiKTeX bisogna aspettare molto di più) e non avrai più quelle righe solitarie in testa alla pagina vuota. Altrimenti usa il pacchetto emptypage.
Nel frontespizio ti sei ricordato di correggere “TerritorialeIngegneria”?