LaTeX fa tutto il possibile per comporre una nota tutta nella stessa pagina e nella stessa pagina dove appare anche il suo richiamo.
Speriamo che bigfoot risolva il tuo problema.
Tuttavia, LaTeX o Word che sia, se una nota è troppo lunga, è troppo lunga. Non è che ci si possa girare attorno.
Cartamante il richiamo deve stare al suo posto, parola più, parola meno; prima o dopo un eventuale segno di punteggiatura dipende dallo stile che si vuole usare; alcuni raccomandano dopo la punteggiatura, altri invece raccomandano prima; prima è più logico, dopo è più estetico.
Ma forse c’è una via d’usciata se la nota è veramente lunghisssssssssssssssssssssssssssssssssssssssssima: si scrive una nota breve che rimanda ad una endnote (pacchetto endnotes (il pacchetto è scritto da Jon Lavagnino, un benemerito creatore di macro e di pacchetti ad uso umanistico, compreso edmac, il padre di ledmac, a sua volta padre di eledmac). Usando una endnote il suo lungo testo va alla fine del capitolo o del documento, come tu configuri il tutto, in modo che la lunghissima nota, (destinata a non essere letta, poi ti spiego perché) si toglie dai piedi e va dove non distrurba la composizione.
Le note non dovrebbero mai venire usate, secondo Knuth, il padre del sistema TeX; certamante se le si usa si devono usare testi brevi, il più vicino possibile al punto a cui si riferiscono e la cui lettura possa venire rinviata ad altro momento senza che la lettura del testo principale ne venga disturbata. Un lunga nota, che sia al piede della pagina o alla fine del capitolo probabilmente non verrà mai letta, perché appena il lettore la vede la rimanda certamente a momenti migliori, altrimenti perde il file del discorso. Gli scrittori che ritengono di essere molto eruditi riempiendo i loro scritti di troppe note (veci il pessimo uso di mettere in nota a piè di pagina le citazioni dei riferimenti bibliografici, ripetendoli all’infinito con formule tipo ivi, ibidem, loc. cit, e simili) fanno in realtà un pessimo servizio al lettore; se il contenuto della lunga nota ha qualche valore per il testo a cui si accompagna, allora il suo contento deve andare a finire nel testo. Altrimenti si fa un dispetto al lettore e la nota non verrà mai letta.
Credo di essermi spiegato con le infinite ripetizioni del concetto. Tuttavia io sono uno scienziato duro (come direbbero i francesi), non sono un cultore di scienze umane, quindi probabilmente ho un diverso approccio al modo di leggere i testi, i trattati, i saggi, che leggo abitualmente; quindi posso avere una antipatia personale per le note lunghe; quando ne devo scrivere cerco di non superare mai la decina di righe, considerando 10 righe già troppo e con la consapevolezza che quel testo in nota è nel posto sbagliato, ma sono troppo preso da altre cose per pensare come farne un uso migliore.
Spero che questo sproloquio ti sia di aiuto. Aggiungi che la tesi è tua, non del tuo relatore. Lui ti può addestrare a scrivere un testo professionalmente corretto, ma alla fine il nome sul testo è il tuo, non il suo; quindi dovresti esercitare un po’ di autonomia nello scrivere come meglio credi valutando con accortezza il modo migliore per esporre il tuo lavoro.