Il fatto che pdflate non ti riconosca l’estensione .eps vuol dire che la tua installazione non è recente, oppure che lavori su una macchina Linux dove l’installazione TeXLive/Debian è non solo incompleta, ma vecchia di due o tre anni. In questo seocndo caso installa accanto alla tua versione Debian di TeXLive, una versione vera di TeXlive seguendo quanto indicato nel documento texlive-ubuntu.pdf che trovi in rete cercando proprio quella stringa del nome del file.
Il fatto che ti si incastri quando lanci il programma di compilazione della bibliografia indica anche che il tuo editor ha qualche problema di installazione,; prva a dare il comando` bibtex miatesi`
(dove mia tesi è il nome del file principale della tua tesi scritto senza estensione) e vedi che cosa succede.
Nel tuo messaggio copia anche le prime righe del file .log, così possiamo leggere tutti quale distribuzione del sistema TeX è installata suall tua macchina.
Dicci anche che editor usi e la sua versione.
Dài, che ce la facciamo!