Dunque, com=n amsrefs e la bibliografia nel file .ltb tu componi la bibliografia dentro all’environment bibdiv che è quella che attiva il sezionamento come un capitolo o come un paragrafo di primo livello.
in entrambi casi usa il comando di sezionamento asteriscato, quindi come tale non va nell’indice; ne segue che devi dirlo tu che cosa vuoi nell’indice:, per esempio:`
\cleardoublepage % se lavori con una bibliografia di tipo chapter, altrimmenti \clearpage oppure niente
\addcontentsline{toc}{\chapter}{\bibname} % Oppure \addcontentsline{toc}{section}{\refname}
\begin{bibdiv}
…
\end{bibdiv}`
Se hai passato un argomento facoltativo a bibdiv ripetilo al posto di \bibname o di \rafneme.
In parole povere devi fare quello che si fa abitualmente prima di \begin{thebibliography} o prima di \printbibliography.