Un makefile è certamente ideale per compilare tutti i grafici come singolo documento sorgente, e molto altro ancora.
Ma occorre tempo per impraticarsi e studiarsi almeno un po’ la guida tematica di Elrond, specie se si lavora sotto Windows dove make non è di casa.
Può andare bene l’esternalizzazione sempre che non diventi difficile gestire un numero elevato di grafici.
La soluzione più semplice è a mio avviso dedicare un file sorgente per grafico, ciascuno in una singola directory.
In fondo, mentre si sta lavorando ad un grafico si compila molte volte per controllare gli effetti delle modifiche e dei miglioramenti.
Quindi ci si può concentrare sul singolo grafico, e non serve usare un make file perché il grafico è comunque stato prodotto durante la sua lavorazione.
Sarebbe opportuno sistemare in un file unico le impostazioni generali per pgfplots, tipo le dimensioni del font, per lavorare con uniformità.
Saluti.
R.