Il tuo quesito è lungo ed articolato.
Direi che sarebbe ebne chiare le idee con la lettura dell’Arte di scrivere con LaTeX. Lì per esempio c’è scritto ch il sottoalbero ~/Libreria/Texmf?…/eccetrera è l’albero personale che non viene instalalto automaticamante, ma che l’utente che lo vuole usare lo deve creare da solo, possibilmente con la stessa struttura (almeno i rami che servono) TDS (TeX Directory System) che ha l’albero radicato in /usr/local/texlive/2012/texmf-dist/
ClassicThesis non è una classe, ma un “pacchetto di estensione, quindi è logico che latex ti dica che non è riuscito a trovare classicthesis.cls. I pacchetti vengono caricati con \usepackage[eventuali opzioni]{pacchetto}; le classi vengono normalmente caricate con \documentclass[eventuali opzioni]{classe}.
Non ti serve copiare classicthesis nel tuo albero personale, nemmeno se creai la cartella mmd; in questa se vuoi, metterai classi e pacchetti non standard che vorrai crearti tu stesso epr l’uso specifico di Scrivener.
Non c’è quindi nessun bisogno di reinstallare MacTeX, a meno che tu non abbia installato una versione base (bisogn mettercela tutta per installare una versione base, perché di default MacTeX installa la versione completa — al massimo bisogna agire si TeXLive Utility.app per aggiornarlo, cosa che è consigliabile fare ogni paio di settimane).
Mi stupisce che tu non riesca a usare le note marginali con la classe memoir, che le prevede esressamente: se sul tuo Mac apri un terminale ci scrivi dentro texdoc memman e poi premi il tasto “invio”, ti si apre anteprima con la documentazione della classe memoir: se premi cmd+F e inserisci nella finestrina in alto la parola marginpar, trovi una centinaio di luoghi nel manuale dove si paral del comando marginpar che serve per creare le note marginali; il comando è lo stesso che viene usato con ttutte le classe,: se puoi inserire le note merginali con book, report, article, classicthesis, eccetera le devi poter creare anche con memoir; forse Scrvenere e memoir non comunicano bene, ma è più probabile che tu non stia usando Scrivener in modo coerente alle specificità di memoir.
Nota che anch’io lavoro su un Mac, ma per comporre i miei documenti non mi è mai saltato per la testa di usare Scrveneri (che apparentemente non fa nemmeno parte della dotazione standard di .app del Mac — infatti io non ne dispongo). È vero che uso LaTeX da molto prima di poter disporre di un Mac, quindi ho imparato a scrivere i miei documenti senza ricorrere altro che a normali editor “LaTeX friendly”.
Quindi, anche se segui questo forum da molti anni, ti prego di leggere la documentazione disponibile su questo forum; non ti dico affatto di abbandonare Scrivener, ma di solito questi front end aiutano molto il novizio per entrare nel gioco, ma poi lo abituano male e gli nascondono i milioni di cose che si possono fare con LaTeX, cosicché il novizio resta sempre novizio.
Ti assicuro che se leggi l’Arte di scrivere con LaTeX (scaricabile liberamente dalla sezione Documentazione di questo forum nella sottosezione dedicata a Lorenzo Pantieri) le tue molte ide aumenteranno moltissimo ma non saranno più confuse; se non altro avrai capito che il sistema TeX è un sistema di tipocomposizione, molto diverso anche dai più evoluti Word Processor.
Ciao e benvenuto anche da parte mia