Capisco la necessità di impaginare nello stesso modo; se fai un riferimento al numero della rivista, non è importante se sia B5 o A4, ma se fai riferimento ad una pagina specifica, e la pagina è diversa nelle due versioni, allora la cosa non funziona più.
Altra soluzione: crei solo la versione B5, poi componi la versione A4 usando pdfpages, cioè imponendo le pagine B5 sulle pagine A4 collocate in modo tale che stampando fronte retro le pagine sul recto e sul verso siano sempre allo stesso margine fisico (quelle dispari appoggiate a sinistra e quelle pario appoggiate a destra). La pagina B5 più piccola della A4 lascia margni trommpo ami (margine esrerno e margine inferiore)? Sì ma ci suono due possibilità: (a) si confeziona il numero della rivista tagliando i fogli A4 riducendoli a B5, poi li si incolla e li si brossura, oppure li si mettono in un raccoglitore ad anelli, o li si lega con una spirate, oppure…; e (b) si lasciano i fogli A4 così come sono, e in tal modo, comunque si confezioni la rivista senza rifilare da A4 a B5, resta molto spazio sui margini e al piede per le glosse del lettore.