Se l’installazione è completa, deve essere nelle cartelle; io non ho più KiKTeX da diversi anni, ma i file(che sono diversi) potrebbero trovarsi in …\texmf\tex\latex\toptesi\ La parte dei puntini potrebbe essere C:\programmi\MiKTeX\2.9
Ma devi cercare in profondità. Poi pupi sempre metterti nella radice di MiKTeX in Esplora risorse o Compiter o comunque si chiami la voce che si apre quando clicchi sull’icona Start (Avvio) in basso a sinistra); po clicchi cerca; nella finestrina che si apre cerca file e scrivi toptesi.cls e il programma te lo trova, se la tua installazione è davvero completa.
Altrimenti vai in Start -> Programmi -> MiKTeX ->2.9 e crchi i package Wizard e vedi di installartelo da lì.
Sono vago perché non uso più una macchina Windows da 7 anni e quindi sto andando a memoria.