Ivan, io con XeLaTeX non ho trovato nessuna difficoltà a compilare matematica avanzata; l’unico problemino nasce con il comando \text di amsmath se stai scrivendo in italiano (o altra lingua occidentale) ma prima, anche solo per un breve esempio già conlcuso, hai usato una lingua retrograda. È un po’ che non controllo, ma ho già segnalto questo bug alcuni mesi fa; siccome non scrivo in ebraico o in arabo tutti i giorni, è chiaro il perché non sia al corrente dell’esito di questo bug.
Tolta questa piccola cosa, non ho mai incontrato problemi con la matematica; per altro la domanda è che cosa fare per usare biblatex e il greco; usando XeLaTeX il nostro richiedente scrive il sorgente direttamante in greco antico e non ha nesun bisogno di usare utaf8x e ucs, cosicché il problema è risolto alla base.
XeLaTeX è particolarmente indicato per la gestione di font dalle caratteristiche impensabili se si usa pdflatex, e per scrivere in ligue che usano alfabeti diversi; per il resto non da problemi, per quel che è la mia esperienza; e ormai no ho accumulata un po’, non tantissima, ma almeno ho mescolato la composizione di lingue strane e quella della matematica.