L’ordine alfabetico secondo il cognome del primo o unico autore è il migliore, ma se ha composto la bibliografia direttamente con l’ambiente thebibliography, hai sicuramente assegnato una chiave a ciascun riferimento, del tipo:
`\begin{thebibliogrpahy{99}
\bibitem{bib:pippo} Pippo Goophy, \emph{Le mie stupidagini}, Disneyland, 1928
\bibitem{bib;topolino} Mickey Mouse, \emph{La mia collaborazione con il commissario Basettoni}, Disneyland, 1932
…
\end{thebibliography}`
quindi le citazioni le fai con il comando \cite, per esempio nel testo scriverai`
… nonostante le sciocchezze di Pippo, \cite{bib:pippo} le indagini che ho svolto con il commissario Basettoni, \cite{bib:topolino}, mi hanno portato a concludere che …`
Ti occorrono almeno due compilazioni, ma poi i numeri delle citazioni saranno a posto, indipendentemente se nella lista bibliografica essi sono in un ordine piuttosto che in un altro.