@Sommariva, non ho guardato le tue immagini, anche perché, pur diponendo di un Mac, non dispongo di Adobe Acrobat 9.5.4 nè di versioni precedenti, quindi non sono in grado di interpretare le informazioni contenute in quelle immagini.
Però nella GuidaGuIT, scaricabile liberamente dalla sezione Documentazione di questo sito, sia in volume unico (comodo per leggere a schermo) o in tre volumi (tomi) comodi per venire stampati, cuciti e legati, c’è u captolo appaosta per creare direttamante file pdf/a direttamaente con pdflatex, oppure per convertire file ps o pdf (ottenuti con XeLaTeX) usando ghostscript. In tutti i casi ci sono le cautele che bisogna osservare per avere una buona speranza che il file prodotto sia conforme alle norme pdf/a. La certezza non c’è; affidarsi ad Acrobat per correggere gli errori è un’impresa quasi disperata, perché certi errori non sono correggibili
Ti suggerisco di scaricare la Guida GuIT e di andare direttamante al capitolo sul PDF archiviabile; non è lungo e probabilmente non hai nemmeno necessità di leggere capitoli precedenti; però può aiutarti a capire i messaggio del tuo Acrobat, ammessi che ce ne siano, dopo che hai creato o trasformato il file in pdf/a con le procedure descritte in quella guida. Io ci ho messo circa sei mesi a capirci qualcosa di pdf/a e ho cercato di distillare la mia esperienza in quel capitolo; dovrebbe almeno risparmiarti non poca fatica, se non proprio risolverti i problemi.