Ciao.
Dunque, premesso che non conosco la classe che usi, questo codice funziona:
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\documentclass [titlepage]{thesis}
\usepackage [a4paper,left=2.5cm,bottom=3.5cm,right=2.5cm,top=3cm]{geometry}
\usepackage {graphicx}
\usepackage [svgnames]{xcolor}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[italian]{babel}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{frontespizio}
\makeatletter
\renewcommand\appendix{\par
\setcounter{chapter}{0}%
\setcounter{section}{0}%
\ifx\@chapapp\@empty
\part*{\appendixname\@mkboth{\appendixname}{\appendixname}}
\else
\renewcommand{\@chapapp}{\appendixname}%
\fi
\renewcommand{\thechapter}{\Alph{chapter}}}
\makeatother
\begin {document}
\begin{frontespizio}
\Istituzione{ALMA MATER STUDIORUM – UNIVERSITÀ DI BOLOGNA}
\Facolta{Scienze}
\Corso[Laurea Specialistica]{Matematica}
\Titoletto{Materia Tesi: Matematica}
\Titolo {MATEMATICA STRUTTURATA: \\ UN'ANALISI DI SENSITIVITÀ}
\NCandidato{Autore}
\Candidato{GIOVANNI}
\Punteggiatura{}
\Relatore {Ch.mo Prof. \\ MICHELE}
\Correlatore{Ch.mo \\ GIANPIERO}
\Annoaccademico {2012-2013}
\end{frontespizio}
\tableofcontents
\chapter{Titolo primo capitolo}
\section{Titolo prima sezione}
\chapter{Titolo secondo capitolo}
\appendix
\chapter{Titolo prima appendice}
\chapter{Titolo seconda appendice}
\end {document}
`
Devi compilarlo, poi devi compilare il file tesi-frn.tex (posto che il file si chiami tesi) e poi ricompilare il file principale (tesi.tex) e avrai il risultato cercato.
Il codice tra \makeatletter e \makeatother], tratto dalla documentazione della classe, serve per eliminare dall’indice l’indicazione Appendice; se volessi eliminare anche la pagina che riporta la dicitura Appandice, dovresti commentare la riga \part*{\appendixname\@mkboth{\appendixname}{\appendixname}}
Alcune considarazioni:
– non credo sia una buona idea allineare a destra il nome del relatore
– sei proprio sicuro della dicitura “Ch.mo”?
– per il glossario non saprei come aiutarti
– ti invito a leggere la documentazione dei pacchetti e delle classi che usi.
A presto,
Matteo