Ho rigirato il tuo file d’esempio come un guanto; ho tracciato i singoli comandi e le singole macro; non sono riuscito a trovare chi o che cosa generi il duplicato di (name{equation.2.4}); nel tracciare la composizione dell’equazione 2.4 mi è parso che generi il link (anchor+target) due volte, ma la lettura del tracciamento è complessa e si possono incrociare gli occhi. 🙁 😡 😳 😈
In ogni caso questo warning è del tutto innocuo: Ho aggiunto l’opzione [colorlinks] alla chiamata di hyperref e ho controllato comunque che le cose siano come appaiono; ho aggiunto in un paio di punti il testo “Vedi\eqref{bvertk}”, ho compilato e il warning resta ma i link risultano colorati e attivi e il visualizzatore del fiel PDF si sposta al punto giusto quando ci clicchi sopra.
Dunque la cosa è fastidiosa, ma è innocua.