Scusami, è un mio errore di copia e incolla. Però non tutti i mali vengono per nuocere. tu hai bene installati i font Linux Libertine e i Biolinum, ma sono quelli estratti dai file OpenType del loro curatore, non contengono il greco, sono nelle mappe generali e pdflatex li può usare, non usando fontspec, che non sa che cosa sia, ma usando un pacchetto come \usepackage[…]{libertine} (o qualcosa del genere).
Il fatto invece che fontspec non sia riuscito a trovare i font Opentype può dire diverse conse, una delle quali, la prima che mi viene in mente, è che non hai completato per la tua piattaforma le manovre necessarie per aggiornare la cache dei font; Ty hai questi font in $TEXMFMAIN/fonts/opentype/public/ ma probabilmente, non avendo aggiornato la cache, il sistema non li vede. Se questa ipotesi è false, se non possono fare altre.
Sto lavorando sul greco; bisogna disporre di un file fontool-lgr.enc, che non viene distribuito, non è installato, e bisogna crearselo da soli; non è facile, anzi, ed è terribilmente facile commettere errori o dimenticare qualche cosa. Ci sto provando.