L’intero file .log potrebbe servire a qualcosa, ma essendo troncato non serve ad altro che constatare che la trasformazione delle immagine eps in immagine pdf le fa (almeno tutte quelle riportate nella parte di log che hai accluso)
L’opzione dvips a hyperref è chiaramente sbagliata, probabilmente il residuo di un vecchio preambolo copiato da chissà chi, oppure il residuo di precedenti tentativi di compilare con latex invece che con pdflatex; ma sarebbe sbagliato lo stesso; non si specificano mai queste opzioni a hyperref, perché lui sa benissimo qual driver leggere per comporre il documento a seconda del programma che usi.
Il fatto che non si para automaticamente il pdf quando ha finito di compilare, dipende, probabilmente, dal fatto che kile non lo fa, come lo farebbe se l’uscita fosse in formato DVI. e dipende dal particolare programma che usi per aprire il pdf. Credo che Kile si armonizzi bene con il visualizzatore Okular per Ubuntu, e i due programmi possano essere configurati in modo da tenere sincronizzati il file sorgente con il file pdf ottenuto dalla compilazione. Adobe Reader non lo fa e così altri visualizzatori che girano su Ubuntu.
Se invece usi TeXstudio, come ti è stato consigliato, questo ha un suo visualizzatore interno già sincronizzato e non devi preoccuparti di quale visualizzatore usi.