Cerca nell’Arte di scrivere con LaTeX; c’è un paragrafo apposta per spiegare come si usano \input oppure \include.
In quella guida si dice anche come usare inputenc e che opzioni bisogna passare a questo pacchetto; tienei presente che il modo di funzionare dell’editor e il modo di funzionare di pdfLaTeX (o di qualunque altro programma di tipocomposizione del sistema TeX) non hanno nulla a che vedere l’uno con l’altro; quindi se il tuo editor è impostato per salvare il file codificato in UNICODE (opzione utf8) come viene semrpe raccomandato, bisogna anche specificare l’opzione utf8 a inputenc; se l’editor è impostato per salvare i file con la codifica ISO Latin 1 (o ISO 8859-1) devi spcificare l’opzione latin1, e via di questo passo. Se specifichi un’opzione divera dal modo di operare dell’editor ti succede che gli accenti non appaiono. oppure che ti appaiano caratteri strani e bizzarri.