Be’; è importante impostare inputenc con l’opzione utf8,, così puoi usare tutte le lettere accentate che puoi immettere con la tastiera e tante altre.
Ma scrivendo in italiano devi anche comporre con lettere accentate e devi poter sillabare a fine riga in modo completo; devi quindi usare certamente fontenc con l’opzione T1, ma non basta: devi anche scegliere un font che contenga i segni delle lettere già accentati; se ti piacciono i font di default con la codifica T1, allora di default LaTeX fa riferimento alla collezione CM-super; ma se usi i Latin Modern (pacchetto lmodern) secondo me è meglio; se poi preferisci cose come Times. Palatino, eccetera, ci sono tanti altri pacchetti che funzionano benissimo e hanno font piuttosto belli.
Invece non devi caricare il pacchetto amsfonts, perché amssymb lo carica da solo.
Per l’indice analitico hai già avuto la risposta di cui avevi bisogno; per l’indice generale secondo me non hai bisogno di niente, salvo mettere il comando \tableofcontents dove vuoi che l’indice generale venga composto.