Per le immagini ti basta dare il comando \lisoffigures; per le tabelle il comando \listoftables; per le equazioni non esiste un indice, quindi non puoi fare una coasa del genere. Però i riferimeti incrociati delle equazioni e le citazioni bibliografiche sono normalmente cliccabil e ti mandano alla pagina dove compare l’elemento cercato. È il funzionamento normale di hyperref e non bisogna fare niente per attivare queste funzionalità; al massimo si tratta di rendere colorati i vari riferimenti; può essere che a te non sembrino cliccabili perché sono colorati di nero.
Naturalmente è necessario che il pacchetto hyperref si caricato per ultimo (con oche eccezioni), altrimenti altri pacchetti possono ridefinire le ridefinizioni che hyperref esegue su comandi interni di LaTeX al fine di aggiungervi gli hyperlink necessari. Nell’esempio che hai inviato il pacchetto sembra caricato per ultimo, quindi va bene.
Poi naturalmente nessun hyperlink funziona se compili con LaTeX, ma devi compilare con pdfLaTeX.