1) l’argomento non ha nulla a che vedere con la bibliografia; sarebbe meglio che aprissi un nuovo topic.
2) con il file che hai allegato non incontro particolari difficoltà, salvo il fatto che non si tratta di un esempio minimo compilabile; infatti non è minimo, mancano le figure e manca la bibliografia.
3) tuttavia osservo che hai forzato LaTeX (pdfLaTeX) a fare cose per le queli si potrebbe parlare di tortura:
a) non mettere formule nei titoli delle sezioni; quei composti avranno ben un nome (industrilae, commerciale, comunque anche chimico ma esposto a parole);
b) non scrivere lunghe formule chimiche nel testo ma mettile in dislay come formule matematiche in display; suppongo che mhchem ti consenta di usare anche i comandi \[…\] per mettere in display le formule chimiche come se fossero formule matematiche non numerate, dentro le quali puoi incrementare il contatore comp con i comandi che hai detto– Incidentalmente il contatore comp non ha nulla a che vedere con il pacchetto textcomp (questo carica il font Text Companion e ha ha che vedere solo con simboli testuali che non trovano posto nella codifica di uscita (fontenc) T1, in particolare già contiene il simbolo dell’euro attraverso il comando \texteuro; se ti disturba un comando così lungo puoi sepre mettere una equivalenza del tipo [tt]\let\E\texteuro[/tt] e puoi usare \e per inserire il simbolo dell’euro).
c) il preambolo contiene diversi errori: amsfonts viene caricato da amssymb, quindi non è necessario caricarlo; hyperref va caricato per ultimo; la geometria della pagina con 45mm di margine interno e 25mm di margine esterno grida vendetta — al massimo fai entrambi i margini di 25mm, anche se sei in composizione oneside [chissà perché?]; non è chiaro perché usi il pacchetto footnote, viso che non usi note al piede; Per carità: non usare wrapfig che non va assolutamente bene per includere figure a fianco di testo che contiene formule chimiche che sbordano alla grande; Non è chiaro perché tu voglia mettere un indice analitico in una tesi; nel caso ci sia un motivo serio, usa imakeidx, che te lo genera simultaneamente al testo; il pacchetto float ti serve davvero? visto che usi il pacchetto inputenc con l’opzione utf8, al posto delle accentazioni TeX, sempre valide ma che non consentono in generale il controllo ortografico delle parole che le contengono, puoi usare le lettere accentate della tastiera con il vantaggio che il tuo testo diventa maggiormente leggibile e il controllo ortografico funziona correttamente; se hai una tastiera priva di lettere accentate, il tuo sistema operativo ha sicuramente delle combinazioni di tasti per scriverle direttamente.