No, TeX non c’entra.
Per eseguire il codice Lua devi creare uno script, ovvero un file di testo come dicevi tu, meglio con estensione .lua.
Sistema in una stessa cartella lo script ed il file con i dati numerici il cui nome deve corrispondere a quello previsto nello script.
Poi apri una finestra di console (in Windows cmd, insomma la vecchia finestra nera del DOS), ti sposti nella cartella con il comando cd (change directory) e poi dai il comando:
`$ texlua nomedelloscript.lua`
Ti comparirà nella stessa cartella il file di output pronto da dare in pasto a pgfplots (e qui puoi modificare il codice per uscire con i numeri con il formato che desideri con la funzione save()).
Mi raccomando controlla la correttezza del risultato.
Infine, texlua: è un interprete Lua presente nelle moderne distro TeX come TeX Live e che ti suggerisco di usare perché così ti eviti di istallare Lua sul PC.
R.