Ciao Anna e benvenuta nel forum.
Domani magari provo a compilare tutto quello che hai allegato alt uo messaggio, ma fin da ora noto che usi la codifica Windows ansinew (che sarebbe meglio evitare anche se usi una macchina Wimdows) e hai composto il database bibliografico con mendeley.
Quest’ultimo usa la codifica unicode e fa uso anche di segni che non sono contenuti nei font con codifica T1 quindi finisce che se anche cambiassi ansinew in utf8 (sostanzialmente equivalente a unicode) continueresti ad avere problemi.
Prima ti suggerisco di leggerti al guida tematica sulle codifiche (dalla sezione Documentazione di questo sito); fors la lettura di questa guida non ti risolve il problema ma ti insegna come cambiare codifica ad un file già scritto, per esempio. Inoltre ti dovrebbe chiarire le idee sulle codifiche; di fatto tu stai usando ansinew, T1 e unicode per scopi diversi in ambiti diversi, ma che finiscono con il collidere.
Finisco con un ultima osservazione; le codifiche che hai scritto sembrano voler intendere che vuoi scrivere un tasi nella quale usi come lingua principale il greco e come lingua seocndaria l’italiano, ma l’esempio che accludi ha il testo in inglese. Sei sicura di quello che stai facendo? sei sicura di avere lletto la documentazione di TOPtesi? Io dicco di no, perché se l’avessi letta non avresti specificato l’opzione italian.
Non pensare che leggere la documentazione sia una perdita di tempo; inizialmente dedichi qualche ora alla lettura della documentazione, ma poi risparmi giorni e giorni di lavoro perché stai usando il software cognizione di causa; quella di TOPtesi si legge aprendo una finestra comandi (su windows si chiama “prompt dei comandi” lo trovi nelle applicazioni) vi scrivi dentro texdoc toptesi-doc poi premi il tasto