Non è che si possa cambiare encoding così alla leggera. Se il tuo file è stato registrato su disco con la codifica utf8, non ti basta mettere \usepackage[latin1]{inputenc} per cambiargli codifica.
Guida tematica sulle codifiche da scaricare dalla sezione documentazione e da leggere con attenzione, molta attenzione, perché il cambio di codifica è un’operazione delicata.
Non solo ma dal tuo file .log appare evidente che hai prima specificato \usepackage[utf8]{inputenc} e poi diverse righe dopo hai specificato \usepackage[latin1]{inputenc} — non è così che funziona; devi chiamane inputenc una sola volta con la codifica che preferisci, ma che non siano in contrato l’una con l’altra.
Ora il tuo file sorgente è codificato utf8 e non c’è altra codifica che tu possa usare se non utf8, non poi, come ti ho detto sopra, cambiare opzione a inputenc senza cambiare anche il modo con cui hai impostato il tuo editor ed aver cambiato la codifica del file.
Ti suggerisco di togliere la seconda chiamata a inputenc da questo file; copiare questo file in un altro file cambiando nome a uno dei due; prendere questa copia e cambiarne la codifica cambiando simultaneamente le impostazioni del tuo editor seguendo le indicazioni precise che trovi nella guida tematica che ti ho indicato; forse riesci a sistemare questo pasticcio che hai combinato, e forse si riesce a capire perché le indicazioni che ti sono state date da GTK non funzionino.
Per il futuro, ricordati che cambiare codifica vuol dire fare cose complicate difficili da aggiustare se non si conosce in dettaglio la questioni delle codifiche.
Ammetto di avere fatto pasticci anch’io in passato, e per risolverli ho dovuto rimboccarmi le maniche e consumare una buona dose di olio di gomito; la lezione mi è servita, ciò nonostante ho ricombinato pasticci un altro paio di volte; basta un attimo di distrazione e zack! il danno è fatto.
Ora sono pronto a darmi dello stupido da solo se mi dovesse ricapitare. Per te probabilmente è la prima volta, quindi non sei autorizzato a darti dello stupido, ma devi essere conscio che involontariamente ti sei messo nei pasticci, grossi pasticci.