Se vuoi scrivere le formule una volta sola anche per quel che riguarda al correzione, è difficile, ma ci sarebbe un metodo; scrivendo le apposite macro, potresti anche rendere la cosa semi automatica. Io qui ti spiego come farei io, ma non è detto che sia la cosa più furba.
1) userei il pacchetto fancyvrb, di cui devi leggere la documentazione con molta attenzione; il pacchetto definisce un comando che mi pare si chiami \VerbatimOutput che ti permette di scrivere un testo in modo verbatim in un file di cui specifichi il nome e l’estensione; se l’estensione è .tex hai il vantaggio che successivamente puoi immetterlo nel tuo documento.
2) per ogni formula che vuoi scrivere nel tuo documento, nella parte principale, scriverai:`
\VerbatimOutput{Pitagora.tex}{\begin{equation}a^2 + b^2 = c^2\label{equ:pitagora}\end{equation}}
\input{Pitagora}`e questo ti dovrebbe permettere di comporre l’equazione e di definire il \label equ:pitagora, che successivamente puoi richiamare con \ref, se vuoi richiamanre quella equazione.
3) Contemporaneamente predisponi il file dell’appendice nel quale dopo il titolo dell’appendice ed un eventuale testo esplicativo del contenuto dell’appendice, scriverai:`
\begingroup
\makeatletter
\let\label\@gobble
…
\input{Pitagora}
…
\endgroupt`
In questo modo il file Pitagora.tex viene immesso di nuovo ma il label che c’è dentro il file si comporta come \@gobble, cioè come un comando (interno di LaTeX) che prende un argomento e se lo inghiotte senza usarlo in nessun modo; tuttavia se dopo o prima di \input{Pitagora} vuoi riferirti all’equazione puoi ancora usare \ref{equ:pitagora} che usa il numero dell’equazione che le è stato assegnato nel testo principale.
4) se devi modificare l’equazione, ti basta correggere il secondo argomento di \VerbatimOutput; se invece vuoi eliminare l’equazione dal formulari ti basta eliminare la chiamata al suo nome di file.
Un po’ elaborato? forse, ma prima di cimentarti leggi con attenzione il paragrafo della documentazione di fancyvrb che riguarda al scrittura di file in modo verbatim, ma poi la cosa diventa abbastanza automatica.