I file di toptesi, compreso il .cfg sono nella cartella …\tex\latex\toptesi\
Se hai installato bene ala tua distribuzione MiKTeX, essa sa dove trovare i file; se non li trova, vuol dire che NON hai installato MiKTeX completo. In questo caso usa il Wizard per installare i pacchetti che ti mancano.
Comunque:
1) creati il tuo localtexmf e istruisci/configura Il tuo MiKTeX perchè sapa che disponi di un albero locale tuo personale; non occorre nemmeno che abbia quel nome, potresti chiamarlo anche miotexmf; il punto è che devi dare il path giusto epr il tuo albero personale all’applicativo di configurazione di MiKTeX che trovi sotto Avvio/programmi/miktex/2.9/miktex settings.
2) In realtà con toptesi non hai bisogno di installare niente nell’albero locale; come ti ha detto cfiandra e come sai tu stesso, se vuoi, ma non è necessario farlo, puoi preparare una file con estensione .cfg e con il nome uguale al file principale della tesi, dove scrivi il nome del cnadidato, il nome dell;atenero, il nome del corso di laurea, il titolo della tesi, eccetera, come spiegato in tooptesi-xetex-doc.pdf; se non vuoi usare il file di configurazione, nessuno ti obbliga a farlo, basta che tu quelle informazioni le metta nel preambolo del tuo file principale.
3) i file di esempio, da usare come modelli (da mdificare abbondantemente per renderli conformi a quello che tu vuoi veramente fare, si trovano in doc/latex/toptesi/ — ricorda: li devi personalizzare, essi sono solo degli esempi, non sono dei template con sazi vuoti da rimepire con la tua tesi.
Abituati a leggere la documentazione; quello che ti ho scritto è tutto documentato in toptesi-xetex-doc.pdf; leggi questo documento senza cercarlo chissà dve ma semplicemente aprendo un “terminale”, che su Windows si apre da Avvio scrivendo nella finestrina in basso cmd, scrivendoci dentro texdoc toptesi-xetex-doc e poi premendo il tasto “invio”.
Visto che è passato un po’ di tempo leggiti l’Arte di scrivere con LaTeX, come ti è già stato suggerito; tieni presente che benché il sistema TeX abbia più di trent’anni, i suoi programmi sono vivi e vegeti e si arricchiscono di funzionalità virtualmente ogni giorno.