Un piccolo file png che motri il tuo caso farebbe capire più facilmente che cosa ti succede.
LaTeX pone fuori margine un retagolino nelro largo quando una e e alto quanto la riga, per marcare le righe che sbordano fuori del margine destro; se hai l’opzione draft fra le opzioni della classe, questo è il comportamento normale.
Se il rettangolo nero appare senza aver usato l’opzione draft, e magari non appare fuori del margine, ma , diciamo cosiì, “al posto” della lineetta di “a capo”, allora si tratta di un’altra cosa e ci vorrebbe un esempio minimo compilabile; un breve file sorgente, che usi tutti i pacchetti del tuo preambolo che una poco di testo che permetta di replicare il fenomeno, ricordando che il tutto deve cominciare con la riga \documentclass e finire con la riga \end{document}, cosicché lo si possa copiare, incollare creando un file .tex, compilare e vedere. senza dover immafginare quali pacchetti non segnalati potrebbero causare il tuo fenomeno.