Certamente si tratta di codifiche sbagliate e, quel che è peggio, mescolate.
Titti i file .tex di un documento devono avere la stessa codifica. Un file non può avere una sezione in utf8 e un’altra in ansinew, perché così le cose non possono essere sistemate.
Fra le guide tematiche ce n’è una sulle codifiche dove si insegna anche come cambiare codifica, leggilo e vedrai che le codifiche specificate per inputenc e fontenc non hanno niente a che vedere l’una con l’altra. Invece hanno a che vedere la codifica di lavoro dell’editor e la codifica specificata per inputenc; TeXstudio riesce a cambiare codifica ad un file abbastanza bene, ma prima bisogna controllare quali parti del file debbano ricevere un’altra codifica e debbano quindi essere ricodificate.
Bisogna poi smembrare il file da convertire in parti omogenee, ma non lo si può fare con TeXStudio; bisogna farlo con un editor testuale del tutto “stupido”, che non cambi codifiche nell’apre e nel salvare il suo contnetuto, con il quale aprire il file da smembrare, selezionare una parte da ricodificare, incollarla in un altro nuovo file sempre con lo stesso editor, poi aprire questo nuovo file con TeXstudio (meglio ancora con TeXworks, cambiargli coidifica, salvarlo, poi riaperto il file mutilato di quella parte reincollarci dentro al posto giusto la parte ricodificata.
Lo so è un lavoraccio, ma questa è l’unica cosa che ti posso suggerire da quello che ho capito di quel che hai fatto; non è detto che io abbia capito quel che hai fatto, quindi può darsi che quel che tio ho detto non sia applicabile.
Nella guida tematica c’è scritto chiaro e tondo che prima di cambiare codifiche bisogna salvare i file su cui lavorare in copie di backup in modo da poterle recuperare nel caso si facciano degli sbagli. Mi raccomando, non aggravare il problema, già pasticciato ora, senza fare un backup dei file .tex su cui lavori.