Io nella stesura della mia tesi sto usando la classe book con facyhdr per l’intestazione e il piè pagina e frontespizio per il frontespizio. Inoltre puoi usare \frontmatter, \mainmatter e \backmatter per separare indice, capitoli e eventuali appendici con appropriata numerazione in numeri romani e arabi.
`\documentclass[12pt,a4paper,twoside,openright,titlepage]{book}
\usepackage{fancyhdr}
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…
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% eventually lists of figures and tables
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% actual chapters of your thesis
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