Soluzione da profano però in assenza di niente potrebbe, in caso estremo, tornarti utile perché se non altro elimina lo sforamento della figura.
Innanzitutto l’ho messa nell’ambiente figure (così magari può tornare utile utilizzare i suo comandi sul posizionamento), per la didascalia ho lasciato in bianco lo spazio riservato da chemfig e inserito una normale caption e ho rinchiuso tutta la figura in una resizebox (questo spiega anche il perché di caption… il testo, lasciato nell’ambiente chemfig, sarebbe risultato microscopico).
Ben lungi da essere elegante ed ottimale, ma se non altro in attesa di altro potrebbe essere d’aiuto.
`\documentclass{article}
\usepackage[italian]{babel}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{textcomp}
\usepackage{siunitx}
\usepackage{booktabs}
\usepackage{chemfig}
\usepackage{caption}
\usepackage[version=3]{mhchem}
\begin{document}
\begin{figure}[ht]
\centering
\resizebox{1\textwidth}{!} {
\chemname{
\chemfig{ATP}
\chemsign{+}
\chemfig{*6(-=*5(-N=(-*5(=N-(<:(=[6]O)-[9]OH)--S-))-S-)-=-(-[3]OH)=)}
\chemsign{+}
\chemfig{O_2}
\chemrel{->}
\chemfig{H-[9]*6(=(-H)-*5(-N=(-*5(=N-(=O)-(-H_2)-S-))-S-)=-(-H)=(-OH)-)}
\chemsign{+}
\chemfig{AMP}
\chemsign{+}
\chemfig{PPi}
\chemsign{+}
\chemfig{CO_2}
\chemsign{+}
\chemfig{Luce}
}{}
}
\caption{Reazione catalizzata dell'enzima luciferasi}
\end{figure}
\end{document}`