`%\usepackage[polutonikogreek,italian]` ovviamente non funziona, perché manca il nome del pacchetto di cui polutonikogreek e italian sono le opzioni da passare al pacchetto babel. Invece`\usepackage[polutonikogreek,italian]{babel}`funziona come si deve.
Per quel che riguarda le lettere accentate i vari pacchetti che carichi devono essere caricati SOLO nel preambolo del main file; non li devi caricare in nessuno dei file inclusi, ma bisogna che anche il file inclusi siano composti con la stessa codifica specificata nel main file e usata per scrivere il main file.
Direi che la guida tematica sulle codifiche che ti è stata consigliata è molto specifica sull’importanza di evitare questo genere di errori.
Se proprio vuoi usare le vecchie sequenze per gli accenti (che non si usano quasi più da anni) per scrivere l’accento grave, che manca dalla tastiera italiana (l’unica tastiera al mondo insufficiente per scrivere tutti i segni richiesti in questa lingua à, è, é, ì, ò, ù, À, È, É, Ì, Ò, Ù — sostituire l’accento sulle maiuscole con l’apostrofo posposto è una pratica di tradizione dattilografica, da evitare quando si compone tipograficamente) devi usare il tasto Alt e mentre lo tieni premuto digiti il numero 96 sul tastierino numerico. Per altro questo è scritto molto chiaramente nella guida L’Arte di scrivere con LaTeX (scaricabile liberamente dalla sezione Documentazione di questo sito) nella tabella 7 (riportata nella pagina 25 dell’edizione del novembre scorso).
PS: la lista delle lettere accentate minuscole e maiuscole che ho riportato sopra scrivendole direttamente con la mia tastiera è stato possibile perché non uso la tastiera italiana (forse ho qualche altro inconveniente, ma nessuno insuperabile o così arcano come conoscere a memoria il codice 96 per il carattere ASCII dell’accento grave)