Per le parentesi ti conviene definire un nuovo comando nel seguente modo:
`
\newcommand\delim[2]{\def\delimleft{#1}\def\delimright{#2}}
\def\pa[#1,#2]#3#4#5{%
\chemmove{%
\node[at=(#4),yshift=(#1),anchor=center]
{$\left\delimleft\vrule height#2 depth#2
width0pt\right.$};%
\node[at=(#5),yshift=(#1)]
{$\left.\vrule height#2 depth#2
width0pt\right\delimright_{#3}$};}}
`
Per scrivere le parentesi ti basta prima dare il comando \delim seguito dalle parentesi che ti interessano (tonde, quadre o graffe), poi dai il comando \pa[1,2]{3}{4}{5} dove 1 indica di quanto sono sollevate le parentesi rispetto il legame, 2 indica la dimensione raddoppiata delle parentesi, 3 indica il termine che verrà messo a pedice, 4 e 5 sono i nomi dei nodi che avrai posto in precedenza sui legami che ti interessano. Per i legami espansi, scrivi il legame così -[
Logicamente tutto quello che ti ho scritto sopra è presente nel manuale del pacchetto con relative spiegazioni, a cui ti rimando per approfondimenti.
Spero di essere stato chiaro :D. Benvenuto sul blog.
Ciao,
Marco