Be’ mi pare che tu abbia frainteso:`tlmgr conf texmf shell_escape 0`serve per disabilitare la fuunzionalità dello shell escape, come si legge nella pagina 4 del documento tlmgr che si legge con texdoc tlmgr. Non ho riletto tutta la documentazione, ma il file texmf.cnf che viene modificato tramite quel comando viene usato durante la compilazione dei formati, non in tempo reale ogni volta che usi pdflatex.
cerca il file /usr/local/texlive/2013/texmf-distr/web2c/texmf.cnf e vedi come è configurata la funzionalità shell escape (cerca la stringa shell_escape) la variabile configurata potrebbe valere f (false) p (partial) t (true); chiaramente con false la funzionalità è disabilitata; con t è abilitata per qualsiasi programma, e p è abilitata in modo protetto.
Perciò deduco che se proprio si volessero seguire le indicazioni che ti trovano in …/texlive/2013/texmf.cnf, si potrebbe aggiungere caso mai una riga per attivare la configurazione protetta`
shell_escape = p`e poi ricreare i file di formato`sudo fmtutils -all` se prorpio fossse necessario.
Quindi prima di attivare questi metodi “rudi”, contrlala che cosa contiene il file snella cartella web2c indicata sopra, poi controlal che cosa contiene il file texmf.config locale. se il tprimo è quello standard con il valore p e il seocndo non dice niente a proposito dello shell escape, aloora i tuoi programmi possono attivare la funzionalità ‘write18 e se non lo fanno quando sono attivati dal comando build o dallo specifico comando dell’editor, allora vuol dire che è l’editor mal comfigurato; Forse l’hai scritto, ma non ricordo; se fosse Texmaker, non saprei cosa dirti perché io uso TeXstudio (talvolta) ma devi andare sotto Preferences (oppure Options) e selzionare nel menù a sinisstra l’icona “Commands”; nella finestra di dialogo che si pare seleziona pdflatex e poi clicca sul segno di chiave inglese alla destra sulla stessa riga: nella finestra che si apre c’è scritto il comando che vien inviato al sistema operativo per eseguire pdflatex. Da me cè scritto solo lo stesso comando che si da dal terminale, quindi da me agisce come se dessi il comando da terminale. Ma io ho installata la versione 2.6.2; con versioni precedenti le cose potrebbero essere diverse. Lo sono senz’altro con Texmaker, ma il procedimento è simile.
Con TeXworks, installato o installabile ance su Ubuntu, la selezione di Preferneze porta ad un dialogo con una sezione intestata Typesetting, nella finestra infferiore sono elencati tutti i programmi attivabili: se ne selezioni uno, per esempio pdflatex, e po sceglia destra il bootone edit, puoi scrivere espressamente la stringa che l’editor invia al sistema operativo quando l’utente gli chiede di eseguire la compilazione del file (unico o principale) del documento da comporre: da ma la stringa di default contiene gli argomenti $synctexoption (per consentire la sincronia del file sorgente e del file pdf composto) e $fullname che richiede il nome del file da comporre completo. In passato mettevo in prima posizione l’opzione enable write10 (secondo quando descritto nella documentazione di TeXworks, ma ora uso questa indicazione di shell escape non protetto solo da terminale. La versione protetta di default mi serve nel 99% dei documenti che compongo.