Re: riferimenti incrociati label/ref

Forse hai inserito i comandi \label prima del comando \caption?

Compaiono le rispettive etichette dentor il file .aux?

Compili le appendici insieme al resto della tesi o le compili separatamente? Se le compili separatamente (senza usare il meccanismo di \includeonly e \include) è ovvio che tu non possa vedere quelle etichette.

Ecco questi sono alcuni spunti per cercare di cpaire il tuo problema, ma senza esempio minimo compilabile, è difficile dire qualcosa.