Infatti in quello che mostra l’esempio, nel capitolo 3 l’equazione è numerata solo con (5), ma nel capitolo 5 vi si fa riferimento con la numerazione completa 3.5, mentre nel capitolo 3 la si indica solo con il suo numero 5. Questo non si può fare con i comandi nativi di memoir \numberwithin e \numberwithout.
Questo non è impossibile da fare ma è difficilissimo e temo ance che possa dare problemi se i comandi definiti e usati dietro le quinte non sono sufficientemente robusti.
Certo rinunciando a \label e \ref e alla numerazione automatica degli oggetti numerabili si pò fare tutto con semplicità, salvo spararsi un colpo quando bisogna aggiungere o togliere un oggetto numerato per una revisione editoriale o una revisione d’autore.
Per carità; evita di lavorare a mano, ed evita queste inutili complicazioni. Questo almeno è il mio consiglio; poi fai tu.