AppCleaner (o altri programmi simili) sono quasi infallibili; Ti cercano e ti cancellano tutti i file collegati ad una app; compresi quei file nascosti che, proprio perché nascosti, nessuno sa di avere a bordo e contengono quelle modifiche che esulano dalle modifiche “lecite” o “previste” che compaiono in ~/Library/TeXShop (per quel che riguarda TeXShop; altre app hanno altri file).
La successiva installazione della stessa app è una installazione vergine, nella maggioranza dei casi.
Comunque ti consiglio di scriverti un file log, un semplice file di testo (ne caso di TeXShop potrebbe essere MyTeXShopChanges.txt) dove elenchi con la data tutte le modifiche fatte e, soprattutto, perché le hai fatte; io per esempio, non ho capito perché hai modificato le sequenze di programmi da eseguire per la sequenza latex+dvips+distiller; certamente ne avevi bisogno per qualche motivo, ma non riesco a immaginarlo, anche perché io evito quella sequenza come la peste: il risultato è un file pdf, ma strada facendo si perdono delle funzionalità tipiche del formato pdf.