Il pacchetto fancyhdr configura solo le testaine e non cambia assolutamante la griglia di stampa; quindi il fatto che in un caso tu abbia 130mm per la larghezza del testo e nell’altro 135mm lascia pensare che tu non abbia usato solo fanccyhdr, ma forse anche geometry e che tu abbia ridefinito la gabbia di stampa in una posizione che parte subit prima della \mainmatter.
Dico “sembra” oerche senza un esempio minimo compilabile che riproduca questa cosa, completamnte (*) allegato al tuo prossimo messaggio, credo che sia impossibile dire che cosa sia successo.
(*) “completamente” vuol dire dalla riga \documntclass alla riga \end{document} incluse; tralascia i dati sensibili ma inserisci tutti i pacchetti che usi e tutte le impostazioni che imposti; aggiungi il pacchetto lipsum oppure kantilipsum, che generano testi fittizi mediante il comando \lipsum oppure \kantilipsum, in modo da poter vedere e misurare nell’esempio composto le larghezze diverse.