Aggiungi nel tuo preambolo le seguenti righe
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\newcounter{numallegato}
\setcounter{numallegato}{0}
\newcommand{\includi}[1][]{\addtocounter{numallegato}{1}\includepdf[#1,pagecommand=\StampaNumeroAllegato{\arabic{numallegato}}]}
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Devi però utilizzare il comando [tt]\includi[/tt] al posto di [tt]\includepdf[/tt]. Ho provato a rinominare [tt]\includepdf[/tt] utilizzando il comando [tt]\let[/tt], ma si blocca la compilazione e non capisco a cosa sia dovuto. Posso chiederti, @franen (o chiunque ne sappia qualcosa), come si potrebbe rinominare? Il codice che ho prodotto è simile a quello sopra:
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\newcounter{numallegato}
\setcounter{numallegato}{0}
\let\includi\includepdf
\renewcommand{\includepdf}[1][]{\addtocounter{numallegato}{1}\includif[#1,pagecommand=\StampaNumeroAllegato{\arabic{numallegato}}]}
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ma si pianta pdflatex subito dopo aver definito il contatore.