Il mio comando funziona come ha richiesto lui, al meno sul mio computer. Ho dato solo un argomento opzionale perché quando esegue [tt]\includi[/tt], esegue il comando [tt]\includepdf[/tt] aggiungendoci il comando opzionale e poi cerca la prima coppia di graffe, che sono quelle del comando [tt]\includi[/tt] e le usa come argomento principale di [tt]\includepdf[/tt].
Volendo si poteva scrivere anche
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\newcommand{\includi}[2][]{\stepcounter{numallegato}\includepdf[#1,pagecommand=\StampaNumeroAllegato{\arabic{numallegato}}]{#2}}
`
Usando questo nuovo comando si aggiorna il contatore soltanto quando carichi un novo .pdf, e stampa in ogni pagina il numero. Così, indipendentemente dall’ordine di caricamento, i numeri sono sempre crescenti.
PS: Ho cambiato il comando [tt]\addtocounter{numallegato}{1}[/tt] con il comando [tt]\stepcounter{numallegato}[/tt], che è equivalente.