Tommaso, dal 10 agosto ad oggi c’è sicuramente una nuova versione di tlmgr che va installata per prima, poi eventualmente si aggiorna tutti i pacchetti normalmente, installandoti anche i vari pythontex*, uno dei quali è bacato.; dopo il TexLIve Utility.app cessa di funzionare a causa del piccolo bug, ma tu sei almeno aggiornato ad oggi, in particolare ci sono tre pacchetti per il greco da aggiornare.
Dopo saresti bloccato, ma devi semplicemente spostare/copiare il file /usr/local/texlive/2013/tlpkg/texlive.tlpdb sul desktop, lo apri con TeXShop (semplicemente trascinalo sulla icona di TS che hai nella barra in basso) e cerchi la stringa “” (formata da due doppi apici consecutivi); la trovi alla riga 129108; vedi che essi iniziano la stringa`””Quick start” documentation”`La stringa contiene quattro volte il doppio apice: cancella i due di mezzo e resti con la stringa seguente:`”Quick start documentation”`.
A questo punto hai quasi finito; salva il file (senza preoccuparti della codifica, oppure specificando la codifica utf8) sul desktop. A questo punto trascina il file nella cartella da dove lo avevi trascinato fuori; il Mac te lo lascerà fare dopo averti chiesto l’autenticazione, cioè la tua parola chiave da superuser.
È una cosa semplicissima, che completi in meno di un minuto.
Se ora apri il TeXLive Utility.app vedrai che ti ricerca i nuovi pacchetti, ma non ne trova nessuno perché hai appena aggiornato poco prima di correggere il file.