\thispagestyle{empty} fa il suo mestiere, perché cambia le testaine di una sola pagina: questa qui, non tutte le paigne successive. Perché la terza pagina sia senza testaina può dipendere da varie cose, ma l’inzio del template degli inci di Lorenzo è questo:
`\cleardoublepage
\pdfbookmark{\contentsname}{tableofcontents}
\setcounter{tocdepth}{2}
\tableofcontents
\markboth{\spacedlowsmallcaps{\contentsname}}{\spacedlowsmallcaps{\contentsname}}
\clearpage`quindi entrambe le testaine, come vedi da \markboth) vengono inizializzate con la parola corrispondente a \contentsname, cioè, in italiano, con la parola Indice, in entrambi i casi composte con \spacedlowsmallcaps.
Se poi tu hai modificato il tmeplate di Lorenzo, oppure se hai ricevuto un template già modificato, allora bisogna che vai a vedere come è stato fatto.
Io però tanto per cominciare metterei il comando \markboth con i suoi due argomenti prima di \tableofcontents, almeno proverei a vedere che cosa succede.
Se non succedesse niente, allora mi creerei un nuovo stile di pagina (con fancyhdr, o con comandi di basso livello) chiamato, per esempio, indici, e prima di comporre l’indice generale e gli elenchi delle tabelle e delle figure, specificherei \pagestyle{indici}, tornando a allo stile scrheadings o ad altro stile, come plain, dopo aver composto il file indici.tex; nel creare questo nuovo stile, metterei la parola Indici direttamante nelel testaine, composto in maiuscoletto, fisso e senza possibilità di cambiare la dicitoura, visto che servirebbe solo per la tesi.
In alternativa c’è sempre lo stile di pagina myheadings, dove viene disabilitato l’inserimento automatico delle indicazioni per le testatine mediante i comandi di sezionamento e viene richiesto esplicitamente all’autore di specificarlo lui stesso mediante il comando \markboth esplicito.