Infatti, questo è quello che sucede ad usare LyX.
Lascialo perdere; va bene per fare le cose che è capce di fare, ma le personalizzazioni sono praticamante escluse; cioè si possono fare ma è difficile, molto più difficile che non usando un editor qualunque (si suggerisco TeXworsks, multipiattaforma e molto essenziale, ma fa cose che si fanno difficilmente con altri editor; oppure TeXstudio, anche questo multipiattaforma, è eccelelnte e pieno icone da cliccare).
Nell’Arte di scrivere con Latex (liberamente scaricabile dalla sezione di Documentazione di questo sito) puoi leggere perché non sia opportuno usare LyX.
Aggiungi che qui nel forum praticamente nessuno usa LyX, quindi è difficile trovare aiuto su LyX, mentre su LaTeX ne trovi quanto ne vuoi.