Una cosa è certa, anzi due;
1) con la codifica utf8 il file compila benissimo;
2) l’immagine di background, fosse essa LOGO.pdf, oppure unipd_logo.png non va assolutamente bene; un logo da mettere in background deve essere in colori chiarissimi e possibilmente deve essere specificato con dimensioni adeguate, non \textwidth per \textheight; se provi a sostituire con unipd_logo vedi che cosa succede con le dimensioni che hai specificato.
Inoltre:
3) Il titolo della tesi è composto male: non di va a capo dopo articoli e preposizioni nei titoli.
4) beamer perrmette di usare la stessa immagine più volte usando i sui comandi \pgfdefineimage e \pgfuseimage; tipicamente da usare per il logo, quando lo si mette nelle cornici, e per il background quando lo si mette di sfondo, altrimenti la stessa immagine viene caricata più volte nel file rendendolo inutilmente enorme. Vedi documentazione di beamer con texdoc beamer, comando dato da terminale, per esempio nella pagina 72.
Infine:
5) visto che usi un tema non standard, quindi non distribuito con nessuna distribuzione di TeXLive o di MiKTeX, dì almeno a chi ti potrebbe aiutare dove lo si può trovare; il forum ti permette di inserire link cliccabili, in modo che non si debba perdere tempo a cercarlo in rete.