Ho il sospetto che ci sia qualcosa che non va nel preambolo e che potrebbe aver relazione con il fatto che non trova il file tesi-frn.pdf.
Il punto è questo: coarichi due volote il pacchetto biblatex, ma specifichi anche uno stile incomaptibile con bilatex, e non specifichi il databse bibliografico nel mdo corretto; leggi la documentazione di biblatex con texdoc biblatex per sapere che cosa fare per meneggiare correttamente il modo di fare al bibliografia.
Me questa osservazione ha attirato l’occhio sullo statement [tt]\DeclareMatheExtensions{.jpg}[/tt]; questo mi fa pensare che tu abbia copiato/incollato il rpeambolo da chissà dove, in particolare da un preambolo vecchio. e che in realtà usi Kile compilando con latex, non con pdflatex.
Mi spiego; pdflatex incorpora mediante graphicx incorpora tutti i formati pdf, jpg, png, mps, eps (l’ultimo solo se usi una distribuzione recente di TeXLive o di MiKTeX); non ha quindi senso specificare l’estensione grafica jpg, perché quella è già di default.
Se invece usi latex, i formati che esso può includere tramite graphicx sono eps e “mps” (l’ultimo fra virgolette dipende dal fatto che i file frutto del programma METAPOST, hanno una estensione numerica, quindi conviene usare le specifiche opzioni di quel porgramma per avere file di uscita distinti dal numero, ma con l’estensione mps; vale anche per quando si usa pdflatex).
Poi ho anche il sospetto che if file *-frn.tex possa essere in una cartella diversa oppure solo readonly; per cui dovendolo riscrivere, il rpgoramma non lo possa sovrascirvere, perché appunto non ha il privilegio giusto.
Però dagli elementi che dai non si capisce bene perché non trovi il file *-frn.tex che alla seconda compilazione non dovrebbe più essere interessante; certo potrebbe esserlo se vi fossero stae apportate modifiche, ma non sembra da quel che scrivi.
Siccome usi una macchina Linux, prova a cambiare editor, usando per esempio TeXstudio, multipiattaforma e usabile anche su Linux; vedi se ti succede la stessa cosa.
Io non uso più Kile da una decina d’anni, quindi non so quanto si sia adattato alle “magie” delle recenti versioni di TeXLive.