Mi fa piacere che lmodern ti abbia risolto il problema, ma la soluzione vera sta specialmente nell’aver specificato la codifica T!, l’hai fatto vero? se non l’hia fatto e hai risolto ugualmente il tuo problema, allora sei fortunato (cioè il risultato è frutto della fortuna).
Le legature fi ffi, fl e ffl sono presenti sia nei font CM (codificati OT1, la codifica di default e font di default), sia nel font CM-Super (codificati (T1, e usati di default quando specifichi la codifica T1), sia nei font Latin Modern (usati se specifichi l’uso di questa collezione di font sia in codifica OT1, sia in codifica T1 sia in altre codifiche). Quindi non è la questione se i font contengano quelle legature (tutti i font che ti ho indicato le contengono); dipende da come interagiscono la specifica della codifica utf8 a inputenc, con la codifica specificata all pacchetto fontenc; e dipendono dal fatto che copiando e incollando si copi e incolli anche la legatura oppure si incollino i caratteri slegati.