Il problema come al solito è LyX; e non manca risposta a quesiti di questo genere nel quale non si dica “Prima lasci perdere LyX, prima vivi felice”.
LyX è solo un editor che funziona da interfaccia grafica fra l’utente e il programma di composizione, che vorrebbe dare all’utente l’idea che quello che gli compare sullo schermo, sia quello che LaTeX poi produrrà; il che ovviamente non è vero, ma è sufficiente a limitare la funzionalità di LyX.
Quindi non si tratta di abbandonare LaTeX, ma di abbandonare LyX, usando come editor un qualsiasi altro editor che sia meno invasivo. L’editor TeXstudio, multipiattaforma è senz’altro consigliabile, ma a seconda della piattaforma usata, ce ne sono altri che vengono preferiti; o preferibili non cito l’onnipotente emacs, perché, secondo me, è difficile da imparare per usarlo bene. TeXstudio si scarica dalla rete; ovviamente si scarica il pacchetto adatto al proprio sistema operativo; in generale funziona subito senza la necessità di personalizzazioni o di impostazioni particolari; contiene ricche barre di icone per svolgere una quantità di task diversi (ricche barre che non piacciono granché agli utenti di LaTeX più esperti, ma piacciono molto a chi si accosta per la prima vola a LaTeX).
Tornando al tuo problema, se non avessi LyX che ti mette i bastoni fra le ruote, nel preambolo potresti invocare il pacchetto imakeidx che ti permette di comporre con LaTeX non uno, ma diversi indici analitici, in particolare l’indice dei nomi con le caratteristiche che cerchi. Leggi la documentazione di imakeidx e vedi quanto è potente questo pacchettino. Non so se lo puoi usare con LyX, quindi la cosa migliore è installare TeXstudio e usarlo, lasciando perdere LyX.