Spesso il file .eps non contiene tutti i font che vengono usati, specialmente se fanno parte dei soliti 35 font che dovrebbero essere installati su qualunque stampnte o programma di visualizzazione di file .eps che sanno interpretare il codice PostScript.
Il formato .pdf invece li deve contenere tutti, anche se ne esiste un piccol gruppo che potrebbe essere considerato scontato.
Siccome MatLab mi pare che riesca ad esportare anche in formato .pdf, fallo, esporta in questo formato e se non usi una distribuzione del sistema TeX troppo datata, non dovresti incontrare problemi. Alternativa, prova a convertire il tuo file .eps creando il corrispondente file .pdf mediante il comando ps2pdf; il programma che viene eseguito dovrebbe poter essere in grado di incorporare anche il font che contiene il tueo €. Non ne sono sicuro, ma vale la pena di provare.