Benvenuta Anna.
come ti ha detto alegenn, qui sul forum difficilmente troverai aiuto per usare LyX, di cui sconsigliamo l’uso.
I motivi sono indicati nel documento L’Arte di scrivere con LaTeX che ti ha cosigliato alegenn.
Te ne aggiungo una breve spiegazione, come la vedo io, naturalmente.
LyX è solo un editor, non ha niente a che vedere con i programmi del sistema TeX, se non nella sua pretesa di simulare una schermata di editing quello che ti potrebbe venire fuori in seguito alla compilazione; naturalmente si tratta solo di una simulazione, non è un vero editing sincrono come potresti avere con MS Word o con Libre Writer, ma insieme a questi condivide il fatto che nel tentativo di simulare l’output, le sue prestazioni sono limitate. Infatti per ogni pacchetto da usare con LaTeX, LyX avrebbe bisogno di una sua interfaccia per simulare quello che il pacchetto farebbe per conto suo; ma la simulazione è solo una approssimazione del risultato finale, quindi si tratta di uno sforzo del tutto inutile, anzi dannoso.
Se usi un editor che non cerchi di perdere tempo a simulare l’output, come TeXworks (dall’interfaccia molto pulita ma scarna per un principiante) o come TeXstudio (dall’interfacci ricca di icone e di barre verticali e orizzontali, che al principiante appare più “amichevole”) ha molta maggiore versatilità e puoi usare le configurazioni di LaTeX nel modo migliore con l’uso di qualunque pacchetto, con la definizione di nuove macro, e puoi davvero essere padrona del modo di comporre, col risultato che il file finale risulta composto molto meglio.
Prima lasci perdere LyX (salva il file della tua tesi in formato .tex, e poi dimenticati di LyX) prima vivrai felice.
Leggi l’Arte e vedrai che padroneggiare LaTeX senza i bastoni fra le ruote poste da LyX non è difficile, anche se devi consumare un po’ di tempo per leggere quella guida (non occorre leggerla tutta inizialmente, viene sempre il momento per approfondire in un secondo tempo) è tutto tempo guadagnato in seguito.