Secondo me non è un warning così innocuo.
il font della famiglia cml2j è disponibile in diverse codifiche, ma non nella codifica del greco LGR; il fatto che te lo sostituisca con il font cmr con codifica LGR va bene solo in un certo senso; il senso è questo: se usi solo i corpi normalmente usati dalle classi di LaTeX, come article, che usano corpi fissi e se per caso chiedessi un corpo di 9,5pt, ti userebbe quello di corpo 9pt oppure quello di 10pt.
Invece se la sostituzione è fatta con la famiglia lmr in codifica LGR, hai il vantaggio che questa famiglia è continuamente scalabile come lo sono i font cfr-lm.
Ecco perché io preferirei che usassi la soluzione di Enrico, ma dichiarassi la famiglia lmr, invece della famiglia cmr..
Piccoli dettagli, che forse non ti portano nessuna differenza sostanziale nella composizione del tuo testo, ma potrebbero esserti utili in altri documenti.
Ti segnalo anche il pacchettino substitutefont che definisce il comando \substitutefont; caricato quel pacchetto, potresti dare il comando`
\substitutefont{LGR}{clm2j}{lmr}`che ti esegue tutte le sostituzioni anche per le serie e le forme presenti in quella famiglia. Sostanzialmente fa la stessa cosa delle due righe di Enrico, malo fa per tutte le serie e le forme; magari non ti serve ora, ma potrebbe esserti utile in futuro.