Per usare il riferimento all’ultima pagina senza contare gli allegati puoi usare il codice che ti avevo suggerito qualche messaggio fa.
Per la distanza fra le voci della lista regola la lunghezza [tt]\cftparskip[/tt]. Per le testatine, dovresti quantomeno dirci come li vorresti, comunque li puoi gestire sempre con fancyhdr.
Riporto un esempio che si basa sull’ultima versione del codice che ti avevo proposto.
`\documentclass[12pt,a4paper]{article}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[italian]{babel}
\usepackage{pdfpages,fancyhdr}
\usepackage{tocloft,xcolor}
\setlength{\cftparskip}{\baselineskip}
\usepackage{lipsum}
\usepackage{pict2e}[2009/06/01]
\fancypagestyle{plain}{%
\fancyhf{}
\fancyhead[R]{\slshape \rightmark}
\fancyfoot[C]{\thepage\ di\ \pageref{MyLastPage}}
\renewcommand{\headrulewidth}{0pt}
\renewcommand{\footrulewidth}{0pt}}
\pagestyle{fancy}
\fancyfoot{}
\fancyfoot[C]{\thepage\ di\ \pageref{MyLastPage}}
\renewcommand{\headrulewidth}{0pt}
\renewcommand{\footrulewidth}{0pt}
\usepackage{tikz}
\newcommand*\round[1]{\tikz[baseline=(char.base)]{
\node[shape=circle,ultra thick,draw,inner sep=5pt] (char) {#1};}}
\newcommand{\listofencl}{Elenco degli allegati}
\newlistof{allegato}{all}{\listofencl}
\newcounter{numallegato}
\setcounter{numallegato}{0}
\newcommand{\StampaNumeroAllegato}{%
\stepcounter{numallegato}
\noindent
\put(0,790){\makebox[200mm][r]{\textcolor{red}{\Large Doc.~n.~{\LARGE \round{\textbf{\thenumallegato}}}}}}
}
\newcommand{\addfile}[3]{%
\includepdf[pages=-,addtolist={1,allegato,{#3},all:#2},picturecommand*=\StampaNumeroAllegato]{#1.pdf}}
\usepackage{hyperref}
\begin{document}
\section{Prima}
\lipsum[1-12]
Questa è una prova per verificare
se il link al primo documento (cfr.~doc.~n.~\ref{all:ermeneutica}) funzioni correttamente. Come fare in modo che
la numerazione fra parentesi sia automatica?
Lo stesso dovrebbe essere per il link all'allegato~\ref{all:ornitologia}.
Qui andrebbe l'elenco numerato di tutti i documenti allegati.
\listofallegato
\makeatletter
\immediate\write\@auxout{\string\newlabel{MyLastPage}{{}{\thepage}{}{}{}}}%
\makeatother
\addfile{file_2}{ornitologia}{De ornitologiae}
\addfile{file_1}{ermeneutica}{Pillole di ermeneutica}
\end{document}`