Il file interpretazione.tex è un documento autonomo che comincia con \documentclass, ha un preambolo. poi \begin{document} e infine \end{document}. In questo modo non può assolutamente essere incluso né con \includeonly+\include, nè con \input.
Probabilmente ri sei sbagliato a mandare il file che hai mandato, visto che nei precedenti messaggio dici di aver tolto il preambolo.
Poi c’è un altro inghippo che mi lascia perplesso; non so se abbia a che fare con il tuo problema, ma ti descrivo la mia perplessità.
In \includeonly indichi i capitoli da includere con il loro nome, giustamente senza estensione .tex; ma nei comandi \include indichi i capitoli con il poro percorso relativo alla cartella del file principale. Per quanto ne so io devi indicare i file nello stesso modo sia nella lista di \includeonly, sia nelle singole chiamate con \include.
Siccome io non tengo mai i capiitoli in sottocartelle, ammetto che la cosa non mi sia mai capitata, quindi non credo di avere voglia di costruirmi cartelle ramificate per verificare se la mia ipotesi è vera.
Fai prima tu ad agginungere capitoli/ davanti ai nomi dei file nella lista di \includeonly e a vedere che cosa succede.
Naturalmente accertati che i file da includere NON CONTENGANO NÉ IL PREAMBOLO NÈ \begin{document} NÉ \endd{document}; devono solo contenere il contenuto del capitolo da \chapter{…} fino alla fine del capitolo; se proprio vuoi marcare la fine del file metti alla fine solo \endinput.
Inoltre non scrivere l’argomento di \includeonly in quel modo, am scrvilo con un file pr ogni riga:`
\includeonly{%
capitoli/onde,%
capitoli/interpretazione%
}`
Mettendo un segno di commento prima del nome do ogni file che NON vuoi compilare, e compilando il main document (che non dovrebbe contenere altro che il preambolo e i vari \include — quell’introduzione che hai indicato va messa in un file da includere) puoi compilare un capitolo alla volta mantenendo tutti i riferimenti incrociati. senza bisogno di compilare ogni capitolo con un altro file che contenga il preambolo.
A me sembrava che nell\Arte fosse spiegato bene; se vuoi controllare sulla GuidaaGuIT (da scaricare dalla sezione di documentazione) vedi che si consiglia questo modo di procedere. Non dico che la cosa sia esposta meglio che nell’Arte, ma le due esposizioni possono completarsi a vicenda.
PS: Orrore e brivido di raccapriccio! scorrendo meglio il tuo main file ho visto che scrivi bestemmie del genere: `
\newline
\\
`
Guarda che non ho esagerato a dire che si tratta di bestemmie. Leggi bene L’Arte; ne hai sicuramente bisogno.